两天后，王正廷等人抵达北京，再次受到总统段祺瑞等中央政府大员和十万北京民众的热烈欢迎，盛大的欢迎场面不次于上海码头的欢迎仪式。
当天晚上的庆功宴结束。段祺瑞一封电令发到南京。
次日上午，南京行营举行新闻发布会，宣布服从中央政府和段祺瑞总统的命令，解除全军一级战备，解除上海地区的武装戒严，逐步撤销长江流域和陆上道路的检查哨卡，暂停对日本海军“澎湖号”被俘官兵的军事审判程序。全力配合国联调查团的调查取证工作。
自此，中日之间一触即发的战争危机得以解除，中日双方在国联调查团的主持下。陷入了激烈而又冗长的谈判阶段。
十月九日下午，北京中央政府外交部发表公告，声称“中日谈判在国联特别小组的积极斡旋下取得阶段性成果。中日两国谈判小组就山东问题达成了协议：日本jūn_duì 在一九一九年十二月三十日之前完全撤离山东全境；中国政府以三年分期支付六百五十万美元、首期付款三百万美元的方式，收回战败国德国修筑的胶济铁路的所有权益”。
次日上午，愤怒的外交总长王正廷通电全国，辞去中央政府所有职务，向全国人民请罪！
萧益民接到急报大吃一惊，强忍怒愤，紧急致电段祺瑞和顾维钧，并命令南京行营驻京联络处和军情局北京站负责人，迅速将王正廷安全送往南京。
当日下午，总统段祺瑞宣布：同意外交总长兼政务院副总理王正廷辞职。任命外交次长顾维钧代理外交总长职务，继续主持与日本政府的外交谈判工作。
十月十一日上午，忍辱负重的顾维钧通过《中国时报》宣布就任代理外交总长职务，然后称病谢客，闭门不出。直到五天之后，才在萧益民和紧急赶赴北京的南京行营众同僚的开解下出来工作。
在严峻的形势下，南京行营的萧益民和麾下所有军政官员异常忙碌，远比既要防备奉军发动内战、又要维持与日本谈判局面的段祺瑞集团更为忙绿。
由于南北两大军政集团在对日立场上越来越大的分歧，不堪继续被萧益民集团逐渐架空的段祺瑞集团终于露出了本来面目，先是不顾谈判小组的一再告诫和请求。竟然懦弱无耻地屈服于日本谈判小组的压力，强行命令谈判组长王正廷在“中日山东协定”上签字，王正廷一怒之下拂袖而去，段祺瑞竟然命令其心腹大将、谈判小组副组长王揖唐在协定上签字。
紧接着，为获得日本的军事和巨额贷款支持，在日本公使林权助“全力协助段祺瑞说服奉系统帅张作霖停战撤兵”的谎言驱使下，段祺瑞及其集团在没有征得中央军政部长萧益民同意的情况下，率先撤下正在与张作霖奉军对峙的两个师，并将这两个由南京行营援助所有武器装备的主力师调往河南“剿匪平叛”。
面对段祺瑞集团一个接一个的反常举动，萧益民和他麾下军政大员们来不及惊愕和深究，立即开始对北方局势展开全面的分析评估，没等萧益民集团理出个头绪，段祺瑞的又一份密电悄然到来：段祺瑞先是抱怨紧张的财政状况，接着扔给萧益民两个选择，要么撤走榆林至九原一线的邓锡侯部，要么派遣邓锡侯的两个师北上库伦接过蒙古防务，徐树铮所部将于明年春节撤回直隶，以弥补平津地区空虚的防务。
中国南北两大集团终于不可避免地走向分裂，但是萧益民没有想到这一分裂来得如此之快，如此突然，尽管在此之前萧益民及其集团已经有所计划并做了准备，但是仍然无法追赶这突如其来的巨变。
“目前首当其冲的是山东问题，值此关键时期，我们任何的反击或者异动，都有可能成为日本jūn_duì 继续赖在山东的借口，因此，越是危急关头，咱们越不能乱！”
杨度的意见得到大多数人的认可，心中满是愤怒和不甘的萧益民痛苦不已，最后艰难地挤出一句话：“今年的冬天将会很漫长……”
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